Auto-immuunziekten is een term uit de medische wereld die verwijst naar aandoeningen waarbij het immuunsysteem eigen lichaamscellen en stoffen als vreemd gaat aanzien. Het lichaam gaat dan ook antistoffen ontwikkelen tegen deze cellen en stoffen, met alle gevolgen vandien.

Auto-immuunziekten zijn vaak niet definitief te genezen. De arts kan enkel de symptomen behandelen en verminderen.

De bekendste voorbeelden van auto-immuunziekten zijn de ziekte van Crohn, diabetes, de ziekte van Graves, de ziekte van Addison, multiple sclerose en reumatoïde artritis.